환경에 따라 이형태가 많다보니 기본형을 정해야 한다. 한 형태소에 여러 이형태가 있으니 그 중 하나를 대표로 삼는 것이다. 설정 기준은 첫째, 기본 이형태로부터 나머지 이형태가 음운적/형태적 조건에 따라 교체된 것이라고 순리적으로 설명되는 방향이다. /흙/이 기본형이라면 '흙도'에서 ㄹ이 탈락하여 /흑/, '흙만'에서 ㄱ이 ㅇ이 되어 /흥/이 되었음을 설명할 수 있다. 음운 규칙에 의해 순리적이다. 그러나 /흥/이 기본형이라면 '도' 앞에서 '흑'이 되고 '을'이나 '에서' 앞에서 '흙'으로 바뀌었다고 설명하는 일이 쉽지 않다. 따라서 /흙/을 기본 이형태로 삼는다.
둘째, 기저가 될 만한 이형태가 따로 없을 경우에는 분포가 더 많은 것을 정한다. '-어라/-아라/-라/-거라/-너라/-여라' 중에서는 선행 음절이 음성 모음일 때 결합하는 /-어라/를 기본형으로 정한다. 선행 음절에 양성 모음(ㅗ 또는 ㅏ)이 오는 경우보다 음성 모음이 오는 경우가 더 많기 때문이다.
셋째, 어느 한 쪽이 다른 한 쪽으로 교체되었다고 설명하는 것이 분명히 더 합리적이라고 말하기가 어려울 때, 통시적 변천 과정을 고려한다. 주격조사 ‘이’와 ‘가’ 중에서 역사적으로 먼저 쓰이기 시작한 것은 ‘이’이다. 따라서 /이/를 기본형으로 한다.
넷째, 형태상 대표형으로 삼을 수 있는 것을 정한다. ‘세, 석, 서’ 중에서 /세/를 기본형으로 삼는다. 3을 뜻하는 고유어 수사가 '셋'이고 '셋'과 형태상 가장 유사한 것이 '세'이기 때문이다.
다섯째, 이론적 기본 이형태를 설정하는 것이다. 실제 발음에 존재하지 않는 형태이지만, 나머지 형태들이 순리적으로 설명되기 때문이다. ‘짓고, 짓는, 짓으니’ 중 어느 것에도 /짓-/은 없다. 실제 발음이 [짇꼬][진는][지으니]이기 때문이다.
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